英特尔、联想携手华大基因,加速新型冠状病毒基因组分析

2020年3月3日,北京—英特尔、联想以及华大基因今日宣告,三家公司正携手加速新式冠状病毒的基因组特性剖析。来自英特尔及联想的专业技能与生命科学专家将通力协作,为华大基因的研讨人员供给全新的大数据剖析技能和核算资源,进一步进步其基因测序东西的剖析才能,更高效地研讨新式冠状病毒的基因组特性。  英特尔和联想携手为华大基因供给的技能包括一个大型高功能核算集群,可用于处理从华大DNBSEQ-T7测序体系读取的高通量数据。华大基因的研讨人员将可以经过全新的高功能核算和基因组剖析技能,以及英特尔和联想的相关资源和专业知识,进一步加速他们对新式冠状病毒的基因组特性研讨。该技能将支撑科学家研讨病毒的毒性、传达形式、病原体与宿主间的相互作用,然后助力流行病学及疫苗规划研讨。这些作业关于未来创立更好的确诊办法和规划有用的疫苗或其他保护性办法(例如免疫疗法)是十分必要的。  试验人员正在操作华大DNBSEQ-T7测序仪(华大基因供图)  经过这项协作,华大基因将得以持续优化其新式冠状病毒检测试剂盒并获取很多有价值的信息。这些信息将有助于确认将来开发有用疫苗或医治办法的潜在靶标。经过英特尔和联想的共同努力,联想的超算技能支撑并优化了“基因组优化和可扩展性东西”,(简称GOAST,首个取得英特尔精选处理方案验证的基因组剖析东西),可为全基因组测序和全外显子测序的核算供给高达40倍1的加速,助力华大基因优化核算进程,高效处理数据,更快地生成牢靠的基因组剖析效果,然后缩短科研和临床调查的时刻。  “现在咱们对这个新式冠状病毒还有很多不了解的当地。华大基因经过剖析病毒基因组数据,加速对感染者的快速辨认和基因组特性的研讨,而这些作业需要投入巨大的核算资源,这恰恰是咱们可以发挥作用的当地。”英特尔市场营销集团副总裁兼我国区总经理王锐表明,“因而,咱们严密携手,为正在防疫一线进行病毒研讨的科学家供给更多的核算资源和专业支撑,期望与奸刁的病毒赛跑,助力疫情防控,解救更多生命。”  联想集团高档副总裁、企业科技集团总裁童夫尧表明:“新式冠状病毒感染的肺炎疫情触动着全国人民的心。联想作为全球抢先的HPC厂商,一向致力于为生命科学研讨供给核算力支撑。来自英特尔及联想的大数据剖析和健康与生命科学方面的专家,将整合咱们的资源及专业技能,协助处理现在面对的严峻应战,推进健康和生命科学的开展进程。”  华大DNBSEQ-T7测序仪 (华大基因供图)  在基因测序作业中,每毫升体液通常会包括数百万个不同的病毒体,而每个病毒体的基因组则包括大约30,000个DNA碱基或字母。华大基因正在对许多感染患者和疑似感染患者的微生物进行基因测序,因而这些研讨作业将会生成TB级甚至PB级的海量数据。要想高效地快速处理这些重要数据,就需要选用更为先进的HPC根底架构、核算技能以及优化的基因组剖析办法。  华大基因总部坐落深圳,是全球抢先的专心于生命科学和基因研讨的公司之一。华大基因首席信息官晋向前表明:“华大基因已对数百份临床样本进行了测序,以剖析和区别感染的并发症。生物信息学范畴的技能,例如基因组比对、基因组拼装、基因组注释和病毒核酸片段的体系剖析,是一个高密度的核算进程,因而满足的高功能核算关于进步剖析功率至关重要。可以运用最新的高功能核算和基因组剖析技能是进步剖析功率的重要因素。该设备和技能将加速对新式冠状病毒感染者的快速辨认和病毒基因组特性的研讨,为新式冠状病毒的精准确诊、医治和疫情防控供给强有力的支撑。”  1.联想的GOAST架构根据博德研讨所(Broad Institute)的GATK Germline的验证规范,在NA12878样本的30倍全基因组和50倍外显子上调用作业流,将功能进步最高达40倍,这是一个精心策划的参阅人类基因组,代表了基因组学范畴的高质量黄金规范。成果或许无法反映一切揭露可用的体系调整。功能或许因输入数据巨细、输入格局、排序深度/掩盖规模、次序作业流中的剖析过程、生物信息学东西的挑选、东西版别和集群环境而异,但不限于此。  英特尔公司。英特尔、英特尔标识及其他英特尔标记为英特尔公司或其子公司的商标。其他称号和品牌或许归于各自一切者的产业。

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